Instalado en el elegante Palacio Cantón, su administración se encuentra a cargo del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH). En la planta baja o principal se exponen varias colecciones correspondientes a diferentes períodos de la cultura maya.  La información referente a la civilización maya se ha ordenado en las salas de acuerdo con los siguientes temas: medio ambiente y prehistoria, evolución social, ciudades y estados, cosmovisión, relaciones interregionales, trabajo y producción, arquitectura y obra públicas. Además, se presentan dos exposiciones especiales, una de ellas de piezas de jade procedentes del cenote sagrado de Chichén Itzá y otra de esculturas en piedra.

En la planta alta el Museo presenta regularmente exposiciones temporales de temas muy diversos, notables en calidad e interés.